Dnes mohou návštěvníci v klatovských katakombách zhlédnout 30 mumifikovaných těl, 7 dalších je uloženo ve veřejnosti nepřístupné části krypt. Všechna těla jsou předmětem péče konzervátorů, o klimatické podmínky krypt se stará klimatolog.
Katakomby, jež se během času staly významnou klatovskou památkou, atmosférou spojující věčnost s časností, připomínají nejen historii města a jezuitského řádu. Lze v nich pohlédnout do tváří těch, jejichž životy a činy se podílely na vytvoření dodnes viditelné tváře Klatov – k ní patří kostel, kolej, seminář, škola (gymnázium). Všechny tyto budovy vystavěli jezuité a výrazně tak změnili architekturu velké části jihozápadního města.
Ačkoliv dnes klatovské katakomby lze navštívit jako „samostatný objekt“, byly vždy součástí kostela. Původní vstup do katakomb byl z chrámové lodi, další pak z bývalé latinské školy (dnes komplex divadla).